La mitophagie induite par BHRF1 est à l’origine de l’inhibition de la réponse interféron. La présence du récepteur MAVS à la surface des mitochondries en fait des organites essentiels dans le déclenchement de l’immunité innée. En induisant la mitophagie, BHRF1 réduit cette défense antivirale car la séquestration des mitochondries ainsi que leur dégradation limitent l’activité de MAVS, qui n’est alors plus en mesure d’activer le facteur de transcription IRF3 (interferon regulatory factor 3). Ce dernier ne parvient donc plus au noyau cellulaire, et ne stimule plus la transcription du gène codant IFN-β.