Étude des insertions observées dans la protéine S de SARS-CoV-2. A-D. Alignements des séquences protéiques de plusieurs coronavirus au niveau d’insertions dans la protéine S de SARS-CoV-2. (A) Insertion correspondant aux résidus 153-158 de la protéine S de SARS-CoV-2. B. Insertion correspondant aux résidus 245-251. C. Insertion correspondant aux résidus 445-449. D. Insertion correspondant aux résidus 680-683. Le schéma du haut indique la position des quatre insertions dans le gène S. Chaque panneau (A-D) montre les alignements de séquences d’acides aminés aux alentours de l’insertion (gauche), et l’origine probable de l’insertion dans la phylogénie inférée sur la base des séquences encadrant l’insertion (droite). à l’exception de l’insertion i3b, les phylogénies regroupent ensemble les séquences qui partagent une même insertion, ce qui indique une origine unique de cette dernière. Les grandes différences entre les phylogénies indiquent que les régions d’insertions ont des histoires évolutives très différentes. Les valeurs associées aux bifurcations indiquent la robustesse des branchements sur une échelle de 1 à 100. Les valeurs faibles (<50) indiquent qu’un branchement particulier a une faible fiabilité. On note que les valeurs faibles sont souvent associées à BtYuRmYN02, qui résulte d’un assemblage métagénomique composé d’échantillons de sources diverses. Ce métagénome est également celui qui montre le plus d’incohérence entre les différents fragments alignés, ce qui met en cause sa pertinence biologique.