Table I.
Sélection d’études d’interactomes. Comparativement aux techniques d’AP-MS et de Y2H, le BioID et l’APEX permettent d’identifier plus largement les interacteurs de protéines d’intérêt. AP-MS : affinity purification-mass spectrometry ; APEX : engineered ascorbate peroxidase ; BioID : proximity-dependent biotinylation identification ; NA : non applicable ; ND : non disponible ; RE-MP : réticulum endoplasmique-membrane plasmique ; Y2H : yeast-two-hybrid ; STIM1 : stromal interaction molecule 1 ; NPHP3 : nephrocystin 3 ; G3BP1 : G3BP stress granule assembly factor 1 ; SOX2 : SRY (sex-determining region Y)-box 2.
| Approche | Complexes protéiques, compartiments ou fonctions cellulaires ciblés | Protéine d’intérêt | Nombre d’interacteurs uniques identifiés | Nombre moyen d’interacteurs identifiés par protéine | Nombre d’interactions identifiées | Réf |
|---|---|---|---|---|---|---|
| AP-MS | Tout compartiment | 338 | 2 235 | 7 | 6 463 | [4] |
| Tout compartiment | 1 092 | 11 485 | 11 | NA | [51] | |
| Tout compartiment | 1 125 | 5 400 | 5 | 28500 | [3] | |
| Tout compartiment | 2 594 | 7 668 | 3 | 23744 | [6] | |
| Tout compartiment | 5 891 | 10961 | 2 | 56553 | [5] | |
| Y2H | Tout compartiment | 7 200 | 1 549 | NA | 2 754 | [52] |
| Tout compartiment | 4 456 | 5 632 | NA | 3 269 | [53] | |
| Signalisation cellulaire | 473 | 1 126 | NA | 2 626 | [54] | |
| Protéines hépatiques | 5 026 | 3 484 | NA | 2 582 | [55] | |
| Tout compartiment | 15517 | 4 303 | NA | 13944 | [56] | |
| BioID | Voie de signalisation Hippo | 19 | 337 | 18 | 487 | [22] |
| Cils cellulaires | 58 | 1 774 | 31 | 7 092 | [23] | |
| Histone et complexe Mediator | 5 | 452 | 90 | 543 | [57] | |
| Facteur de transcription | SOX2 | 82 | 82 | 82 | [24] | |
| Transport nucléo-cytoplasmique | 16 | 1 252 | 78 | ND | [58] | |
| Granules de stress et P-bodies asso- ciés à l’ARN | 119 | 1 792 | 15 | 7 424 | [59] | |
| APEX | Matrice mitochondriale | Peptide signal | 495 | NA | 495 | [35] |
| Espace intermembranaire mitochon- drial | Peptide signal | 127 | NA | 127 | [40] | |
| Jonction RE-MP | STIM1 | 38 | 38 | 38 | [60] | |
| Cils cellulaires | NPHP3 | 162 | 162 | 622 | [61] | |
| Granules de stress | G3BP1 | 123 | 123 | 123 | [37] | |
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