La sécrétion d'AGCC et la formation conséquente d'agrégats d'α-synucléine provoquent des troubles moteurs. Lors d'une perturbation du MI – ou dysbiose –, les bactéries se mettent à produire des acides gras à courtes chaînes carbonées (AGCC) qui, en diffusant dans le système nerveux central, provoquent une neuro-inflammation par la sécrétion de cytokines. Cette neuro-inflammation entraîne une augmentation de la formation d'agrégats d'α-synucléine qui provoquent la mort par apoptose de neurones dopaminergiques de la substance noire. De plus, la formation d'agrégats d'α-synucléine favorise la dysbiose du microbiote intestinal, créant ainsi une signalisation à double sens qui accentue le phénomène. In fine, la perte de ces neurones régulant la réponse motrice via les synapses neuromusculaire résulte en l'apparition de troubles moteurs de type parkinsonien. AGCC : acides gras à courtes chaînes. IL-6 : interleukine 6 ; TNFα : tumor necrosis factor.