Le rôle central du thymus dans la programmation de la tolérance immunitaire au soi et le développement de l’auto-immunité spécifique d’organes. Dans les conditions normales, sous le contrôle des gènes Aire et Fezf2, l’épithélium thymique exprime des gènes apparentés aux principales familles neuroendocrines et des gènes codant de nombreux antigènes tissulaires. La présentation par le complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) thymique des antigènes du soi neuroendocrine conduit à la fois à l’élimination des lymphocytes T spécifiques de ces antigènes (sélection négative) ainsi qu’à la génération de lymphocytes T régulateurs spécifiques de ces antigènes. Ce double mécanisme est responsable de la programmation de la tolérance immunitaire centrale vis-à-vis des fonctions neuroendocrines. Dans certaines conditions pathologiques, la diminution de l’expression et de la présentation intra-thymiques des antigènes du soi neuroendocrine aboutit à la libération progressive dans le sang de clones T effecteurs « interdits » (Teff) dirigés contre ces antigènes en même temps qu’à la diminution de la production de lymphocytes T régulateurs (Treg) spécifiques de ces antigènes. Ces deux phénomènes sont nécessaires mais non suffisants pour le développement d’une maladie auto-immune. Pour qu’une maladie auto-immune apparaisse, des facteurs environnementaux encore mal identifiés interviennent aussi. Ces facteurs environnementaux comprennent des virus, la nature de l’alimentation, le stress et une déficience en vitamine D.