Alignements des séquences gag-pol (A) et env (B) HERV-W avec les autres Retroviridae. L’alignement par homologie de séquence (logiciel « Mac Vector », méthode « neighbor joining ; best tree ») utilise la séquence d’enveloppe d’un virus d’un autre genre (virus herpès simplex de type 1, HSV-1) pour produire un repère « éloigné » requis pour comparer ces séquences rétrovirales. Les différentes classifications pour les génomes rétroviraux discutées dans le texte sont indiquées dans les différents groupes encadrés par les parenthèses en rouge (classification selon les homologies de séquence du gène pol) et en bleu (classification selon la morphologie et/ou selon le type de pathologie associée). Les groupes d’alignement pour les lentivirus et les foamy virus ou spumavirus (virus spumeux) coïncident et sont dans le même cadre bleu. Les génomes hybrides, qui se retrouvent « classés » différemment selon les alignements des gènes gag-pol ou env (voir texte), sont soulignés en vert.

HSV-1 : virus Herpes simplex de type 1 ; ALV : virus de la leucose aviaire ; RSV : virus du sarcome de Rous ; HTLV : virus T-lymphotropique humain ; GALV : gibbon ape leukemia virus (leucémie du singe gibbon) ; Koala retrovirus : rétrovirus du koala ; SFFV : spleen focus-forming virus (virus formant des foyers dans la rate) ; MoMLV : virus Moloney de la leucémie murine (variant du MLV) ; MLV : murine leukemia virus (leucémie murine) ; Rauscher MLV : virus Rauscher de la leucémie murine (variant du MLV) ; HERV-W : human endogenous retrovirus type W (rétrovirus endogène humain de type W) ; BaEV : baboon endogenous virus (rétrovirus endogène du babouin) ; MPMV : Mason-Pfizer monkey virus (virus Mason-Pfizer du singe) ; HERV-K113 : human endogenous retrovirus type K, K113 copy (rétrovirus endogène humain de type K, copie K113) ; JSRV : Jaagsiekte retrovirus (virus de l’adénomatose pulmonaire du mouton) ; MMTV : mouse mammary tumor virus (tumeur mammaire murine) ; HIV : human immunodeficiency virus (virus de l’immunodéficience humaine) ; SIV : simian immunodeficiency virus (virus de l’immunodéficience simienne) ; CAEV : caprine arthritis-encephalitis virus (virus de l’arthrite et de l’encéphalite de la chèvre) ; MVV : Maedi-Visna virus (virus du Maëdi-Visna, causant des atteintes pulmonaires, nerveuses, articulaires ou mammaires chez le mouton) ; FFV : feline foamy virus (virus « spumeux » félin) ; BFV : bovine foamy virus (virus « spumeux » bovin) ; SFV : simian foamy virus (virus « spumeux » simien) ; PERV : porcine endogenous retrovirus (rétrovirus endogène porcin).