Présentation schématique de la reconstruction dans les trois dimensions de particules isolées. La pureté élevée de l’échantillon est importante, comme en cristallographie des rayons X. Dans un premier temps, l’observation de l’échantillon en coloration négative est une étape utile car elle permet de visualiser clairement l’échantillon, de vérifier son homogénéité, en particulier pour les petites particules. Les particules sont sélectionnées à partir des micrographes, puis centrées et alignées. La classification et le moyennage des images permettent d’améliorer le rapport signal sur bruit, et les moyennes de classe peuvent être utilisées pour calculer un modèle initial à faible résolution de notre macromolécule d’intérêt. Celui-ci est calculé en utilisant la méthode des lignes communes ou la méthode des séries coniques aléatoires [7]. Puis, lors de l’étape de la cryo-MET, l’échantillon vitrifié est imagé en utilisant les détecteurs directs d’électrons (on obtient un film à partir de plusieurs images d’un même champ de la grille de microscopie électronique). La correction de mouvement entre les différentes images du film est effectuée. Les particules sont ensuite fenêtrées, moyennées. La détermination de la valeur de défocus permet la correction de la fonction de transfert de contraste (FTC). Après l’alignement et la classification de l’ensemble des données, on affecte à chaque particule une orientation de projection par rapport au modèle initial. L’affinement des valeurs des orientations est effectué de manière itérative jusqu’à ce que la structure dans les 3 dimensions de la macromolécule d’intérêt converge.