Arbre des espèces et arbre de gènes. Les gènes sont portés par des espèces et suivent donc leur histoire, notamment les événements de spéciation qui font que les gènes d’une espèce ancestrale se retrouvent dans les lignées descendantes. Cependant, les gènes subissent aussi des événements d’évolution qui leur sont propres. Ils peuvent donc, dans certains cas, avoir une histoire plus complexe que celle des espèces. Ils peuvent être dupliqués, perdus, ou transférés d’une espèce à une autre. Ainsi, un arbre de gène reconstruit peut différer de l’arbre des espèces, car il est le résultat de différents mécanismes qu’il est nécessaire de prendre en compte. Mais si ces mécanismes complexifient les arbres de gènes, on peut aussi les considérer comme des marqueurs de l’évolution. Si deux espèces sont issues d’un ancêtre qui a reçu un gène par transfert, leurs génomes vont garder une trace de ce transfert commun à leur ancêtre, et donc conserver une preuve d’une ascendance partagée.