Du génome au réseau d’interactions protéiques du virus, une approche transversale de biologie moléculaire systémique. Une répartition taxonomique des génomes séquencés est tout d’abord donnée. Ces génomes sont utilisés comme un canevas (par une approche de « protéomique inverse ») pour l’annotation des protéines (ou fragments de protéines) encodées et la genèse de l’OR-Féome viral, c’est-à-dire l’ensemble des ORF (open reading frame). L’ORFéome viral est utilisé pour le criblage systématique de l’interactome virus-virus et virus-hôte. Un exemple théorique d’un espace de recherche de 18 combinaisons concernant 3 protéines virales et 3 protéines cellulaires est présenté (1 si interagit, 0 si n’interagit pas). Les interactions expérimentales (arêtes rouges) sont intégrées au sein d’une modélisation du réseau d’interactions entre les protéines du virus (nœuds rouges) et celles de l’hôte (nœuds bleus). L’étude systémique des réseaux d’interactions protéine-protéine permet l’identification de liens entre l’architecture du réseau et le fonctionnement cellulaire. Cette approche conduit à la proposition de nouvelles hypothèses biologiques testables expérimentalement.