Représentation schématique de la stratégie SILAC. Une expérience SILAC se compose de deux phases distinctes : une phase d’adaptation (A) et une phase expérimentale (B). A. Durant la phase d’adaptation, les cellules sont cultivées dans un milieu où certains acides aminés ont été substitués par leurs isotopes « lourds » jusqu’à ce que les cellules aient complètement incorporé les acides aminés marqués (losange rouge sur les graphes et couleur des boîtes). En parallèle, une culture en milieu standard est effectuée. B. Dans la seconde phase, l’expérience en tant que telle, suite à l’incorporation du marquage et à l’application d’un stress ou stimulus à une des populations cellulaires, les lots de cellules à comparer sont mélangés. L’échantillon total ou un sous-protéome est analysé par spectrométrie de masse. Les peptides lourds et légers, qui peuvent être distingués grâce au marquage isotopique différentiel (point bleu versus losange rouge sur les graphes), seront quantifiés en mode MS et identifiés en mode MS/MS (adapté de [3]).