Principe de l’approche SERPA. Cette approche consiste à séparer en parallèle des quantités équivalentes de protéines issues de cultures cellulaires ou de tumeurs sur trois gels 2-DE. Les deux premiers gels sont transférés sur des membranes (nitrocellulose ou PVDF, polyvinylidene fluoride) avant d’être hybridés avec des sérums provenant de patients atteints de cancer ou d’individus contrôles. Le troisième gel est quant à lui coloré au nitrate d’argent ou au bleu de Coomassie afin d’établir la cartographie des protéines de la tumeur. La stratégie consiste dans un premier temps à comparer les images obtenues par Western blot à partir des deux échantillons de sérums (cancer et contrôle) afin de repérer les protéines immunogènes spécifiques de la réaction humorale tumorale. Dans un deuxième temps, les images issues des Western blots sont superposées au gel coloré au nitrate d’argent afin d’isoler et identifier les protéines d’intérêt. Pour cela, les protéines sont extraites du gel, digérées à la trypsine et identifiées par spectrométrie de masse (cartographie peptidique ou séquençage).