Analyse comparative par la méthode ICAT (isotope coded affinity tag). A. Schéma d’une sonde ICAT spécifique des cystéines. Cette sonde est constituée de trois parties : une partie réagissant avec les cystéines (iodoacétamide), une biotine (à gauche) qui permet la sélection par chromatographie d’affinité et un bras espaceur qui peut contenir des hydrogènes (carrés) ou des deutérium (ronds). B. Les deux extraits à comparer sont ensuite marqués, l’un avec la sonde légère (hydrogène), l’autre avec la sonde lourde (deutérium). C. Les extraits sont mélangés et digérés par la trypsine, puis les peptides marqués par la sonde sont sélectionnés par chromatographie d’affinité. D. Les peptides sélectionnés sont analysés par chromatographie liquide (phase inverse) (CPL/PI) couplée en ligne avec un spectromètre de masse (MS) en tandem. Le rapport des signaux correspondant aux peptides identiques marqués par la sonde légère et la sonde lourde, observé dans le premier analyseur du spectromètre de masse, donne le rapport quantitatif des protéines d’origine. Les données de fragmentation des peptides donnent la nature de la protéine d’origine. On notera que les protéines dénuées de cystéines échappent à l’analyse.