Rpb1 et Spt5 possèdent des domaines carboxy-terminaux (CTD) semblables, riches en motifs S-P et T-P, reconnus par Pin1. Le CTD de Rpb1 est composé de 52 répétitions de la séquence consensus YSPTSPS pouvant être phosphorylée par différentes kinases. Les domaines CTR1 (C-terminal repeat) et CTR2 de Spt5 sont composés de répétitions de deux séquences consensus pouvant elles aussi être phosphorylées.