Différentes étapes de la méthode SINE. A. Construction d’une banque de gènes, criblage de la banque grâce à une sonde caractéristique de la famille de SINE étudiée, séquençage des clones positifs et définition d’amorces (représentées par des flèches) dans les régions flanquant les SINE identifiés. B. Données confirmant le regroupement de l’hippopotame avec les cétacés (locus HIP4, [18]). I. Réaction de PCR avec les amorces créées, afin de déterminer la distribution du SINE dans le groupe étudié. Les bandes de grandes taille (taxons 7-10) correspondent à des fragments contenant un SINE; celles de petite taille (taxons 1-4 et 6) à des fragments sans SINE. II. Validation du résultat de la PCR par Southern blot utilisant la séquence du SINE comme sonde. III. Southern blot utilisant la séquence des régions flanquant le SINE comme sonde. Ces deux dernières étapes permettent de vérifier que les produits de PCR obtenus sont bien homologues et ne correspondent pas à des artéfacts. C. Arbre phylogénétique inféré à partir du locus HIP4. Les taxons 7 à 10 sont regroupés car ils partagent un SINE, la position du taxon 5 ne peut être inférée, l’absence de produit de PCR ne permettant pas de déterminer l’absence ou la présence de SINE à ce locus. Taxons considérés: 1: Camelus bactrianus (chameau); 2: Sus scrofa (cochon); 3: Axis axis (cerf axis); 4: Giraffa camelopardalis (girafe); 5: Ovis aries (mouton); 6: Bos taurus (vache); 7: Hippopotamus amphibius (hippopotame); 8: Megaptera novaeangliae (baleine à bosses); 9: Berardius bairdii (baleine à bec); 10: Globicephala macrorhynchus (globicéphale); M: Marqueur de taille.