Impact sur la phylogénie inférée du temps de fixation d’un SINE dans un locus par rapport aux événements de spéciation. L’évolution des allèles à un locus est représentée le long d’un arbre phylogénétique. Le locus considéré est indiqué par une barre verticale jaune, la présence d’un SINE est caractérisée par un rectangle rouge sur le locus. Les événements de spéciation sont indiqués par des flèches et le temps de fixation des allèles par une accolade. A. Le SINE se fixe entre deux événements de spéciation, et sa distribution reflète la phylogénie vraie. B. Le SINE n’est pas fixé lors de la séparation des espèces, et l’étude de sa distribution conduit à une phylogénie erronée.