Modélisation des connaissances sur la cartographie comparée : modèle conceptuel. Les entités manipulées en cartographie comparée sont de deux ordres, d’une part les cartes et marqueurs cartographiques et d’autre part les entités biologiques. Ces dernières peuvent être considérées selon leurs propriétés biologiques ou cartographiques lorsqu’elles sont manipulées en tant que marqueurs cartographiques. Dans ce modèle, les classes et associations s’organisent autour des « univers » cartographique et biologique. Les entités manipulées sont décrites selon leurs propriétés biologiques à travers la classe Element, selon leurs aspects cartographiques à travers la classe Map. Pour retrouver l’intégrité de l’entité décrite (qui est éclatée dans deux classes), une association, hasMap, a été définie. Dans l’« univers biologique », la classe Element constitue la racine d’une hiérarchie de classes qui permet de définir des sous-classes de la classe Element dont elles héritent les propriétés, mais qu’elles spécifient également en fonction des propriétés particulières des éléments biologiques représentés. On peut ainsi distinguer les entités biologiques du génome (Genomic) comme les chromosomes (Chromosome), les gènes (Gene) ou les pseudogènes (Pseudo) et les structures issues des techniques moléculaires (Technic) comme les clones (Clone) ou les EST (EST). Les relations d’homologies sont décrites à travers la définition d’une classe de famille d’homologie (HomolFam) qui est liée aux éléments génomiques (classe Genomic) par l’association isHomolog. La relation d’homologie existant entre différents éléments génomiques est donc vue ici comme l’appartenance de ces différents éléments à une même famille de relation d’homologie.L’univers de la cartographie est décrit à travers la classe Map, racine d’une hiérarchie de classes dont les sous-classes (Physical, Genetic) représentent les différents types de cartes manipulées. Les entités localisées sur une carte peuvent être des marqueurs ou des cartes. Elles sont décrites à travers l’attribut position de l’association map-sOn qui lie l’élément cartographié (rôle MapElem de l’association mapsOn) à la carte qui le porte (rôle Map de la même association). Il est possible à travers une telle représentation de décrire la position d’un élément sur plusieurs cartes, ainsi que l’inclusion récursive de cartes localisées dans d’autres cartes.