Formalisation du problème : le diagramme de classes et associations. Le processus de modélisation consiste à identifier les concepts mis en jeu et à les traduire à l’aide d’un système de représentation de connaissances. Le système AROM est fondé sur un formalisme dérivé d’UML. Les classes sont représentées par des rectangles à angles droits, les associations sont représentés par des rectangles à bords arrondis. Un code couleur permet de distinguer les différentes associations (ce même code couleur est repris dans le diagramme d’instances, Figure 3). Dans cet exemple, il s ’agit de décrire :

• des polypeptides : un polypeptide représente le produit d’un gène codant pour une protéine. la classe Polypeptide représente l’ensemble des polypeptides.

• des assemblages moléculaires : un assemblage moléculaire est constitué de polypeptides ou d’assemblages moléculaires. Un assemblage moléculaire est caractérisé par le nombre d’entités qui le constitue. la classe MolecularAssembly est une généralisation de la classe Polypeptide. Autrement dit, la classe Polypeptide représente une spécialisation de la classe MolecularAssembly. Les classes Polypeptide et Molecular Assembly sont décrites par l’attribut Name (chaîne de caractères). L’association IsConstitutedOf permet de décrire de façon récursive la composition d’un assemblage moléculaire. Le nombre de constituants d’un assemblage moléculaire est décrit par l’attribut Stoichiometry (nombre entier).

• des enzymes : la dénomination des enzymes est définie par les règles de la nomenclature internationale (IUBMB : International Union of Biochemistry and Molecular Biology). Un identifiant (EC number) est associé à chaque enzyme répertoriée. La classification enzymatique internationale regroupe six grandes classes d’enzymes. la classe EnzymeClass représente les éléments de la classification enzymatique internationale. L’association HasCatalyticActivity permet de connecter les classes MolecularAssembly et EnzymeClass.

• des réactions biochimiques : une réaction biochimique décrit la transformation de substrat(s) en produit(s). Une réaction biochimique est généralement catalysée par une enzyme.

la classe Reaction représente les réactions biochimiques. L’association IsCatalyzedBy connecte les classes Reaction et EnzymeClass. Cette association permet d ’établir le lien entre une réaction biochimique et son catalyseur enzymatique. La classe Compound regroupe l’ensemble des composés intervenant dans une réaction biochimique. Les associations IsSubstrateOf et IsproductOf permettent de spécifier le rôle du composé dans la réaction (composés substrats de la réaction ou composés produits de la réaction).