Les réseaux de l’expression génique

Émergence et développement d’un domaine clé de la génomique

The emergence and development of gene expression profiling: a key component of the 3B (bench, bedside, bytes) in translational research

¹ INRA-SenS (sciences en société), Institut francilien recherche innovation société/université Paris-Est Marnela-Vallée, cité Descartes, 5, boulevard Descartes, Champs-sur-Marne, 77454 Marne-la-Vallée Cedex 2, France
² Institut des systèmes complexes - Paris Île-de-France (ISC-PIF), 57-59, rue Lhomond, 75005 Paris, France
³ Aix-Marseille Univ, Faculté des Sciences Économiques, 13621 Aix-en-Provence, France
⁴ UMR Inserm/IRD/Aix-Marseille Univ, SESSTIM, Institut Paoli- Calmettes, 232, boulevard Sainte-Marguerite, 13273 Marseille Cedex 9, France
⁵ Department of Social Studies of Medicine, McGill University, 3647 Peel, Montréal, QC, H3A 1X1 Canada

^* jean-philippe.cointet@polytechnique.edu
^** mogoutov@gmail.com
^*** pascale.bourret@univmed.fr
^**** rym_elabed@yahoo.fr
^§ alberto.cambrosio@mcgill.ca

Résumé

Cet article analyse l’émergence et le développement d’un des domaines clés de la génomique, celui de l’expression génique (gene expression profiling), en utilisant des méthodes d’analyse informatisée et de cartographie du contenu des publications scientifiques. Les résultats de cette analyse détaillent le rôle central joué par l’oncologie dans le développement de ce domaine de recherche. Des démonstrations de principe utilisant un organisme modèle végétal ont rapidement débouché sur des preuves de l’utilité de cette approche dans le cas des hémopathies malignes et des applications dans le domaine des tumeurs solides, notamment les cancers du sein. L’étude met également en relief l’importance de la bioinformatique et des biostatistiques comme conditions de possibilité de ce type de recherches, qui s’imposent dès lors comme le troisième pôle, en plus du laboratoire et de la clinique, du triangle de la recherche translationnelle.

Abstract

This paper examines the emergence and development of one of the key components of genomics, namely gene expression profiling. It does so by resorting to computer-based methods to analyze and visualize networks of scientific publications. Our results show the central role played by oncology in this domain, insofar as the initial proof-of-principle articles based on a plant model organism have quickly led to the demonstration of the value of these techniques in blood cancers and to applications in the field of solid tumors, and in particular breast cancer. The article also outlines the essential role played by novel bioinformatics and biostatistical tools in the development of the domain. These computational disciplines thus qualify as one of the three corners (in addition to the laboratory and the clinic) of the translational research triangle.