Utilisation en routine du MALDI-TOF-MS pour l’identification des pathogènes en microbiologie médicale

Applications of MALDI-TOF-MS in clinical microbiology laboratory

¹ Hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Faculté de médecine, Paris, France.
² Hôpital Necker-Enfants malades, AP-HP, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Faculté de médecine, Paris, France.

^* etienne.carbonnelle@egp.aphp.fr

Résumé

Initialement réservée au domaine de la recherche, la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF fait, depuis peu de temps, son apparition dans les laboratoires de microbiologie. L’essor de cette technologie est lié à la grande précision et à la rapidité d’identification des bactéries, levures mais aussi champignons, à son utilisation aisée et à la simplicité de son intégration en routine dans les laboratoires, et au faible coût des analyses. De plus, cette approche peut être utilisée pour identifier directement les micro-organismes à partir des prélèvements, dont les hémocultures et les urines, permettant au final d’optimiser la prise en charge des patients.

Abstract

For twenty years, mass spectrometry (MS) has emerged as a particularly powerful tool for analysis and characterization of proteins in research. It is only recently that this technology, especially MALDI-TOF-MS (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight) has entered the field of routine microbiology. This method has proven to be reliable and safe for the identification of bacteria, yeasts, filamentous fungi and dermatophytes. MALDI-TOF-MS is a rapid, precise and cost-effective method for identification, compared to conventional phenotypic techniques or molecular biology. Its ability to analyse whole microorganisms with few sample preparation has greatly reduced the time to identification (1-2 min). Furthermore, this technology can be used to identify bacteria directly from clinical samples as blood culture bottles or urines. Future applications will be developed in order to provide direct information concerning virulence or resistance protein markers.