Tableau I.
Comparaison du profil du microbiote fécal de patients AJI par rapport à des sujets sains. ACE : abundance-based coverage estimate ; ARNr : ARN ribosomal ; ATB : antibiotiques ; CS : contrôles sains ; DMARD : disease-modifying antirheumatic drugs ; ERA : AJI associée aux enthésites ; FR : facteur rhumatoïde ; I-AJI : AJI indifférenciée ; ns : non significatif ; o-AJI : AJI oligo-articulaire ; p-AJI : AJI poly-articulaire ; PLS-DA : partial least squares discriminant analysis ; ps-AJI : AJI associée au psoriasis ; RPC : République populaire de Chine.
| Références | Pays | Patients | Traitement | Méthode Source d’ADN Séquençage | Diminution de l’abondance | Augmentation de l’abondance | Alpha diversité | Beta diversité |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| [19] | États-Unis | 25 ERA 13 CS |
Pas d’ATB depuis 6 mois | Amplification de la région V4 du gène codant l’ARNr 16s Illumina Miseq, Hiseq2000 | Faecalibacterium prausnitzii, Lachnospiraceae | Bifidobacterium Bacteroides (ns) Akkermansia muciniphila (ns) | Pas de différence (Shannon et diversité phylogénétique) | La majorité des AJI sont regroupées avec les CS, identification de deux clusters ERA (PCoA, Unifrac) |
| [21] | Finlande | 13 o-AJI 15 p-AJI FR- 1 p-AJI FR+ 1 ERA 27 CS |
Pas de DMARD Pas de corticothérapie Pas d’ATB récent | Amplification de la région V4-V5 du gène codant l’ARNr 16s Ion Torrent | Firmicutes Lentisphaerae présent uniquement chez les sujets sains | Bacteroidetes Bacteroides Actinobacteria et Fusobacteria présents uniquement chez les patients AJI | Pas de différence (Chao 1, Shannon, Simpson) | / |
| [16] | Italie | 10 p-AJI 19 ERA 29 CS |
Pas d’ATB depuis 3 mois | Amplification de la région V5-V6 du gène codant l’ARNr 16s Roche 454 | Peptostreptococcaceae (ERA) Clostridiaceae I (ERA) Faecalibacterium (ns) (non ERA) | Ruminococcaceae (p-AJI et ERA) Veillonellaceae (non ERA) Clostridium cluster XIVb (ERA) | Diminution de la diversité chez les AJI (Chao 1) | Plus de similarité entre les p-AJI et les ERA qu’avec les CS (PCoA, Bray Curtis et unifrac non pondérée) |
| [23] | Pays-Bas | 8 p-AJI FR- 22 CS |
Pas de DMARD Pas d’ATB depuis 3mois | IS pro, amorces de réaction de polymérisation en chaîne spécifiques de phylum marquées par fluorescence | Alistipes finegoldii, Prevotella multisacharivorax | Bacteroides fragilis | Pas de différence (Shannon) | Différence entre les AJI et les CS en (PLS-DA, au niveau du phylum bacteroidetes) |
| [22] | Inde | 33 ERA 14 CS |
Pas d’ATB, de stéroïdes, de DMARD ou d’immuno-suppresseurs depuis 6 semaines Pas de biothérapie | Amplification de la région V3 du gène codant l’ARNr 16s Illumina Hiscan SQ | Prevotellaceae Prevotella | Bacteroidaceae Enterobacteriaceae Bacteroides Enterococcus Klebsiella | Pas de différence (Chao 1, ACE, Shannon, Simpson) | Plus grande dispersion des ERA par rapport aux CS (PCoA, UniFrac pondéré) |
| [20] | États-Unis | 30 ERA 19 CS |
Pas de traitement immuno-suppresseur sauf corticothérapie si inférieure à 2 semaines. Pas d’ATB depuis 3 mois | Amplification de la région V4 du gène codant l’ARNr 16s Illumina Hiseq et Miseq | Faecalibacterium prausnitzii A2-165 strain (ns) | Bacteroides fragilis Faecalibacterium prausnitzii L2/6 strain | / | Différence entre les ERA et les CS (PCoA, Bray Curtis) |
| [17] | Italie, Pays-Bas | Italie: 47 o-AJI 24 p-AJI FR- 2 p-AJI FR+ 3 ps-AJI 2 I-AJI 79 CS Pays-Bas : 14 o-AJI 4 p-AJI FR- 2 ERA 1 ps-AJI 28 CS |
Pas de DMARD Pas de corticothérapie | Amplification de la région V1-V3 du gène codant l’ARNr 16s Roche 454 | Italie : Allobaculum Gemellaceae Propionibacterium acnes Turicibacter Pays-Bas : pas de différence significative | Italie : Erysipelotrichaceae Faecalibacterium prausnitzii Parabacteroides Ruminococcaceae Pays-Bas : pas de différence significative | Diminution de la diversité chez les AJI par rapport aux CS dans la cohorte italienne (Chao 1) | Différence entre les AJI et les CS dans les deux cohortes (PCoA, UniFrac non pondéré) |
| [18] | RPC | 17 o-AJI 9 p-AJI 14 ERA 42 CS |
Pas de DMARD, de stéroïdes ou de biothérapie | Amplification de la région V3-V4 du gène codant l’ARNr 16s Illumina Miseq | Anaerostipes Dialister Lachnospira Roseburia | Diminution de la diversité chez les AJI par rapport aux CS (Chao 1, Shannon) | Différence entre les AJI et les CS (PCoA, Bray Curtis) |
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