Les deux schémas du haut (A) représentent les relations évolutives entre les eucaryovirus, les bacteriovirus et les archéovirus des deux sphères de virus cosmopolites, les Varidnaviria [6, 7] et les Duplodnaviria, montrant que les eucaryovirus se regroupent à part des deux autres ensembles de virus. Au contraire, les eucaryotes se regroupent avec les archées dans l’arbre universel du vivant fondé sur les ARN ribosomiques et/ ou les protéines universelles [9]. Les deux schémas du bas (B, C) représentent les deux scénarios pour l’origine des eucaryotes et de leurs virus. Les cercles bleus correspondent à la position du dernier ancêtre commun des eucaryotes modernes, LECA. Dans le scénario 2D (B), les eucaryotes émergent à la suite de l’endosymbiose d’une bactérie dans une archée (flèche en gros pointillé), la bactérie devenant la mitochondrie. Les eucaryovirus proviennent du mélange de leurs deux virosphères. Dans le scénario 3D (C), les eucaryotes et les archées dérivent d’un ancêtre commun aujourd’hui disparu. Dans ce scénario, certains eucaryovirus peuvent également dériver de la bactérie à l’origine des mitochondries (flèche en petit pointillé), mais d’autre peuvent provenir de la virosphère qui entourait cet ancêtre. La distinction entre ces deux scénarios est importante dans le cas des virus à ARN. Les cercles oranges représentent les cinq familles de virus à ARN spécifiques des eucaryotes ou d’origine eucaryote [6]. Dans le scénario 2D, ces cinq familles sont apparues de novo chez les proto-eucaryotes. En revanche, dans le scénario 3D, elles pourraient dériver d’anciens virus à ARN ayant précédé LUCA.