Schéma simplifié de l’étude des virus présents dans un écosystème par métagénomique. À partir d’un échantillon environnemental, un virome peut être obtenu en enrichissant la fraction virale par des étapes de filtration, le matériel génétique présent dans les particules virales ainsi récupérées étant ensuite extrait, amplifié puis séquencé. Il est également possible de séquencer tout le microbiome (virus inclus). Dans les deux cas, les séquences génétiques générées sont ensuite assemblées et les (fragments de) génomes viraux sont identifiés et séparés du reste des génomes microbiens. Ces génomes viraux permettent d’étudier la composition et la diversité de la communauté virale, d'éventuellement suivre sa dynamique, d’évaluer son impact sur les communautés microbiennes, ou encore d’étudier de manière approfondie des familles virales d’intérêt.