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Table 1.
Méthodes de déconvolution existantes de la plus ancienne à la plus récente.
| Méthodes | Principes | Avantages | Inconvénients | Références |
|---|---|---|---|---|
| Par chromatographie d'affinité | Petite molécule modifiée immobilisée sur colonne. Incubation avec extrait protéique d'intérêt. Séparation par élution et identification par spectrométrie de masse ou immunodétection | Simple à mettre en place. Cible retenue dans des conditions physiologiques | Modification de la petite molécule : gêne stérique? Activité biologique conservée ? Molécule de très haute affinité nécessaire. Forte concentration de protéine cible obligatoire | [18] |
| Par expression de clones (phage display, système triple-hybride, banques d'ADNc) | Expression de protéines cibles potentielles en système hétérologue et crible de la molécule d'intérêt marquée | Permet de détecter les protéines faiblement abondantes | Expression de protéines modifiées dans des systèmes simples (levure, phage) : QUID de la structure/modifications post traductionnelles (MPT), etc. | Phage display : [19, 20] Y3H : [21–23] |
| Puce à protéines | La molécule d'intérêt fluorescente ou radiomarquée est incubée avec les puces de protéines. Les protéines ainsi marquées sont identifiées selon leur position | Permet une analyse à haut débit des interactions protéine / molécule. Pas de problème de faible abondance | Position de la protéine : liera-t-elle encore la molécule? Modification chimique de la petite molécule (activité…). Protéines isolées : QUID de la structure / MPT ? | [25] |
| Puce à cellules | Expression d'ADNc définis dans des cellules sur des puces. Incubation avec la molécule d'intérêt fluorescente ou radiomarquée | Criblage de milliers d'ADNc possible. Système stable sur le long-terme | Variation d'efficacité de transfection. Ratio signal/bruit suffisant ? | [26] |
| Suppression biochimique | Suppression fonctionnelle de l'inhibition chimique in vitro. Mélange molécule/extrait protéique : activité. Des fractions de cet extrait sont administrées pour supprimer cette activité et les fractions induisant la suppression d'activité sont ensuite déconvoluées | Les molécules de faible affinité peuvent être testées | Développement d'un test fonctionnel nécessaire. Peut mener à l'identification d'une protéine de la voie de signalisation | [27] |
| Technique d'organisation nématique de protéines (NPOT®) | Méthode d'hétéroassemblage par incubation de lysats tissulaires et de la molécule d'intérêt, isolement de l'interactome, digestion enzymatique et identification des partenaires par LC-MS/MS des peptides digérés | Structure quaternaire conservée. Accès au mécanisme d'action de la molécule. Possible prédiction des effets secondaires | Risque de non identification de la cible si digestion enzymatique imparfaite. Méthode brevetée, seulement effectuée par une PME | [28] |
| CETSA (Cellular Thermal Stability Assay), DARTS (Drug Affinity Response Target Stability) | Mesure de la stabilisation d’une protéine en réponse à un ligand | Pas de modification chimique | La stabilisation thermodynamique doit être suffisante pour être détectable | [29] |
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