La présentation de différents antigènes (issus de bactéries pathogènes ou non pathogènes) permet de créer un premier signal partant des cellules souches intestinales (CSI) exprimant des molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe II (CMH II) vers les lymphocytes T (LT) CD4⁺. Cette interaction va permettre d’activer le système immunitaire et, notamment, de différencier les cellules T CD4⁺ en différents sous-types de LT auxiliaires (Th1, Th2, Th17, T régulateurs [Treg]), permettant ainsi de modifier la composition cellulaire intestinale, et donc de créer une réponse spécifique, en fonction de l’antigène présenté.