Les interactions de CSF1R avec la chromatine diffèrent dans les monocytes et dans les macrophages issus de la différenciation de ces monocytes. Dans les monocytes, CSF1R interagit avec EGR1, et est co-localisé avec H3K4me1 dans les régions intergéniques. Dans les macrophages, CSF1R interagit avec ELK1 ou YY1, et est co-localisé avec H3K4me3 aux sites initiateurs de la transcription (transcription start sites, ou TSS).