Les limites des mécanismes de défense bactériens face aux transferts horizontaux de gènes. Les bactéries, dont E. faecalis, disposent de systèmes de défense endogènes leur permettant de lutter contre les transferts horizontaux de gènes et ainsi protéger leur propre génome. Elles possèdent ainsi un système de restriction-modification (R/M) (A.1.) reposant sur la protection du génome endogène par méthylation spécifique de site via la méthylase MTase (modification) et sur la dégradation des éléments génétiques exogènes par des endonucléases REase (restriction). Le second système, nommé CRISPR/Cas (A.2.) , repose sur la reconnaissance spécifique de séquence d’un matériel génétique étranger entrant, par des endonucléases Cas associées à des ARN guides, les crARN, codés par les séquences espaceurs du locus CRISPR. Dans ces deux cas - A.1. et A.2. -, la bactérie receveuse n’acquiert pas de résistance aux antibiotiques, même après le processus de conjugaison, car les gènes de résistance transmis par la souche donneuse sont dégradés. Cependant, des déficiences de ces systèmes de défense peuvent conduire à la facilitation des transferts horizontaux de gènes. Le premier cas de figure est le partage d’un même système R/M entre la bactérie donneuse et receveuse, associé à l’absence de reconnaissance du matériel génétique conjugatif par le système CRISPR/Cas de la bactérie receveuse (B.1.) . L’élément génétique transmis sera alors reconnu comme du « soi » par la bactérie receveuse, d’après la signature de méthylation qu’il porte, et ne sera dégradé ni par le système CRISPR/Cas, ni par le système R/M. Le second cas correspond à l’absence de systèmes de défense (R/M et CRISPR/Cas) fonctionnels (B.2.) , ce qui entraîne l’acceptation de l’élément génétique étranger entrant par la bactérie receveuse et sa conservation. Dans ces deux conditions - B.1. et B.2. -, la bactérie receveuse, initialement sensible aux antibiotiques, acquiert un gène de résistance par ce transfert horizontal de gènes et devient elle-même résistante aux antibiotiques au même titre que la bactérie donneuse.