Exemples de manipulation de l’autophagie par les bactéries et les virus à leur profit. La relation entre l’autophagie et les micro-organismes est très complexe et cette figure illustre certaines stratégies des bactéries et des virus pour contrer ou utiliser l’autophagie pour leur propre réplication. Bactérie. Certaines bactéries, présentes dans les phagosomes, vont bloquer l’autophagie pour échapper à la dégradation (Mycobacterium tuberculosis et Legionella pneumophila). D’autres bactéries, qui se sont échappées du phagosome, vont bloquer l’autophagie grâce à des facteurs bactériens comme Staphylococcus aureus, Salmonella Typhimurium ou Streptococcus du groupe A. D’autres vont détourner une partie de la machinerie autophagique pour se multiplier à l’abri dans des vacuoles qui recrutent notamment LC3 (microtubule-associated protein 1A/1B-light chain 3), comme Brucella abortus ou Coxiella burnetii. La dégradation par autophagie via la reconnaissance par les galectines des membranes endommagées du phagosome inhibe le signal d’alarme cellulaire et donc permet à des bactéries, comme Shigella flexneri ou Salmonella Typhimurium, de poursuivre leur cycle infectieux. Enfin, certaines bactéries, comme Listeria ou Shigella flexneri vont fuir les autophagosomes grâce à une queue d’actine. Virus. Certains virus vont bloquer l’autophagie pour échapper à la dégradation, tels HSV-1 ou le VIH. Les autophagosomes peuvent être utilisés comme plateformes de réplication pour certains virus à ARN comme le poliovirus. Ce virus nu utilise aussi la vacuole autophagique pour sortir de la cellule sans la lyser. Une partie de la machinerie autophagique peut être utilisée pour participer à l’assemblage et l’exocytose des virus enveloppés (EBV ; VPI3 ; VHB). L’autophagie sélective des gouttelettes lipidiques (lipophagie) permet de générer de l’énergie qui sera utilisée par le virus de la dengue. Une autophagie fonctionnelle, qui contribue à la survie cellulaire, améliore la production du virus de la rougeole et l’autophagie favoriserait aussi la maturation de protéines virales (VZV). ATG : autophagy-related protein ; HSV-1 : Herpes simplex virus de type 1 ; VIH : virus de l’immunodéficience humaine ; EBV : virus d’Epstein-Barr ; VHB : virus de l’hépatite B ; VPI3 : virus para-influenza de type 3 ; VZV : virus de la varicelle et du zona.