Les récepteurs de l’immunité innée permettent d’établir un dialogue entre le microbiote et les cellules épithéliales. Les récepteurs de l’immunité innée (PRR) reconnaissent sélectivement des composants microbiens conservés et partagés par différents groupes de micro-organismes. La liaison des PRR à leur ligand entraîne une cascade de signalisation intracellulaire pouvant aboutir à l’activation du facteur de transcription NFkB. Les PRR sont exprimés à la fois par les cellules immunitaires et épithéliales. Sur ce schéma, seuls sont présentés quelques-uns des récepteurs reconnaissant des ligands bactériens, et exprimés par les CSI (cellules souches intestinales). L’activation de la voie canonique impliquant NFkB n’a pas été démontrée dans ces cellules. TLR : toll-like receptor ; LPS : lipopolysaccaride ; PGN : petidoglycane ; MDP : muramyl-dipeptide ; CpG : CG dinucleotide.