Coupe de côlon de souris. La mucine gélifiante intestinale est sécrétée par les cellules en calice (*) présentes en grande quantité dans les cryptes pour former, à la surface de l’épithélium colique au contact de l’eau, deux gels de mucus : un mucus adhérent surmonté d’un mucus non adhérent qui abrite les bactéries. Les bactéries sont visualisées par des sondes FISH⁵. La sonde rouge reconnaît « toutes » les bactéries et la sonde verte (jaune = rouge + verte), les lactobacilles, particulièrement nombreux chez la souris (flèches). Il n’y a pas de bactérie visible en contact avec le tissu intestinal.