Détail des techniques 4C, 5C et HiC. A. Technique de la 4C. Lorsque la librairie 3C est générée, il y a formation d’un grand nombre de produits de ligation entre la séquence d’intérêt et le reste du génome. En utilisant des amorces spécifiques de l’appât, il est possible d’amplifier simultanément l’ensemble des interactions par PCR inverse. B. Amplification médiée par la ligation (AML). Dans la technique 5C, ce sont les produits de ligation tête à tête qui sont testés. L’amorce sens comporte une séquence unique qui correspond au brin sens de l’extrémité 3’ du site de restriction. Réciproquement, l’amorce antisens possède une séquence unique correspondant au brin antisens de l’extrémité 3’ du site de restriction. Elle est, de plus, la seule à être phosphorylée sur son extrémité 5’ de sorte que la ligation ne se fait qu’entre une amorce sens et antisens. Celles-ci possèdent respectivement sur leurs extrémités 5’ et 3’ un promoteur T7 et T3, ce qui permet l’amplification simultanée de toutes les interactions. C. Génération de produits de ligation biotinylés pour la HiC. Après digestion par une enzyme de restriction, il est nécessaire de réparer les extrémités cohésives générées et d’introduire un nucléotide biotinylé. Après ligation, les produits sont fragmentés par sonication et purifiés.