Stratégies de validation des candidats identifiés dans les criblages d’ARNi. A. Extinction spécifique d’un gène par un ARNi. L’expression du gène ciblé est éteinte suite à une complémentarité parfaite et totale entre l’ARNm et l’ARNi. B.  Méthode C911 - Un contrôle ARNi C911 consiste au remplacement des bases 9 à 11 sur le brin anti-sens de l’ARNi par des bases complémentaires alors que la séquence externe de 6-7 nt en position 2-3 à 8 est conservée. À la différence de l’ARNi original, le contrôle ARNi C911 ne peut donc pas s’apparier de façon optimale sur l’ARNm cible et provoquer l’extinction du gène correspondant. En revanche, un tel contrôle permet de mettre en évidence de potentiels effets non spécifiques dus à la séquence externe de l’ARNi. C.  Méthode de l’ARNi flanqué. Un contrôle ARNi flanqué consiste à remplacer de manière aléatoire les bases de l’ARNi en positions 1-2 et 9 à 21 afin de conserver la séquence externe de 6-7nt en position 2-3 à 8. Ce contrôle est donc incapable de s’apparier à l’ARNm cible. En revanche, il est possible de comparer l’effet de l’ARNi original et celui dû spécifiquement à sa séquence externe. Si l’extinction est spécifique, le phénotype observé pour un ARNi ne devrait plus être visible avec le contrôle ARNi flanqué. D.  ARNm rendu résistant à des ARNi. En mutant directement l’ARNm cible dans les cellules, l’ARNi correspondant ne peut plus s’apparier. En cas de ciblage spécifique, le phénotype observé pour un ARNi ne devrait pas être observé dans ces cellules. E.  Correction basée sur l’expression des ARNm dans la cellule. Le profil d’expression des ARNm est déterminé dans le modèle cellulaire pour le criblage d’ARNi, par exemple, par puce à ADN. Seuls les gènes transcrits sont pris en considération dans l’analyse des résultats. F.  Méthode CRISPR-Cas9. La modification du génome par la technologie CRISPR-Cas9 rend possible la génération de lignées cellulaires dépourvues d’un gène candidat, ou d’en réprimer l’expression. Un tel modèle cellulaire permet de valider un phénotype observé avec l’ARNi correspondant au gène candidat dans une lignée standard.