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Tableau I.
Études pilotes utilisant le séquençage haut-débit dans le cadre de l’identification et/ou la caractérisation fine d’un agent infectieux.
| Utilisation du séquençage haut-débit | Plate-forme de séquençage | Diagnostic par connaissance du génome pathogène | Pathogènes | Réf | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Avecisolement | Études épidémiologiques | MiSeq (Illumina) | Étude de faisabilité, en contexte hospitalier, où un séquenceur haut-débit de paillasse a permis d’augmenter la résolution par rapport à des stratégies moléculaires usuelles | Staphylococcus aureus etClostridium difficile | [18] | |
| PGM (Ion Torrent) | Projet pilote dans lequel un séquenceur haut-débit de paillasse a mis en évidence des souches multirésistantes | Escherichia coli multirésistante | [19] | |||
| Évolutiondes génomes | GA IIx (Illumina) | Travaux précurseurs (2010) qui ont montré une meilleure résolution du séquençage haut-débit pour envisager le suivi de la transmission d’un agent pathogène de personne à personne | Staphylococcus aureus résistant à la méticilline, isolats cliniques divers | [20] | ||
| GA IIx (Illumina) | La technologie est employée pour élucider le mécanisme d’apparition de résistances virales | Virus de la grippe A H7N7 | [21] | |||
| Sansisolement | Métagénomique clinique | PGM(Ion Torrent) | Preuve de principe : intégration au niveau du diagnostic de données métagénomiques | Microbiote pulmonaire | [22] | |
| HiSeq2500 et MiSeq (Illumina) | Afin d’éviter un isolement préalable, cette étude suggère l’emploi de méthodes métagénomiques | Shiga-toxigenic Escherichia coli | [13] | |||
| Microbiologie unicellulaire | GA IIx (Illumina) | Dans un contexte clinique, première démonstration de l’efficacité d’une méthode de séquençage complet d’un génome issu de la capture d’une seule cellule | Porphyromonas gingivalis | [23] | ||
| GAIIx et HiSeq (Illumina) | Isolement d’une cellule par immunocapture suivi d’une amplification pangénomique avant séquençage complet | Chlamydia trachomatis | [11] | |||
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