Inactivation des chromosomes sexuels au cours de la gamétogenèse et de l’embryogenèse précoce dans le sexe féminin. Au stade pachytène du spermatocyte primaire, les chromosomes X et Y s’apparient grâce à leurs régions pseudo-autosomiques pour former la vésicule sexuelle, ce qui engendre leur inactivation appelée MSCI (meiotic sex chromosome inactivation). L’état inactif du Xp (X paternel) persiste au stade spermatide sous forme d’une structure chromatinienne appelée PMSC (post meiotic sex chromatin). Il existe ensuite une réactivation du Xp dans les cellules postméiotiques de la lignée germinale mâle avant la fécondation de sorte que le Xp est transmis dans un état actif. Dans l’embryon de sexe féminin, l’inactivation du chromosome X soumise à empreinte intervient secondairement à l’accumulation de Xist sur le Xp, entraînant son extinction transcriptionnelle dès le stade 4 cellules. La nature de l’empreinte à l’origine de l’inactivation du Xp est inconnue. Il semble que le chromosome X maternel (Xm) soit porteur d’une marque apposée au cours de l’ovogenèse, empêchant l’inactivation du Xm aux stades précoces du développement. La protéine RNF12 d’origine maternelle pourrait agir en trans et activer l’expression de Xist à partir de l’allèle paternel. Le Xp conserverait aussi des traits chromatiniens d’hétérochromatine, expliquant l’inactivation de l’allèle paternel.