La BHE est au centre du métabolisme des peptides Aβ. Le récepteur RAGE est impliqué dans l’influx de ces peptides alors que le récepteur LRP1 est impliqué dans l’efflux cérébral. Les pompes d’efflux telles que la P-gp ou BCRP restreignent l’entrée des peptides Aβ vers le parenchyme cérébral. Le pool cérébral de ces peptides est également contrôlé par la présence d’enzymes capables de les dégrader et synthétisées en partie par les CEC telles que NEP, ECE-1 ou IDE.