Les différentes causes possibles des anomalies génétiques rapportées dans les iPS. A. Certaines mutations ou variations du nombre de copies d’ADN (CNV) peuvent préexister dans les cellules différenciées avant la reprogrammation, soit comme un polymorphisme partagé par toute la population cellulaire, soit comme une mutation présente dans une sous-population qui pourrait être sélectionnée au cours de la reprogrammation. B, C. L’utilisation de vecteurs intégratifs, la reprogrammation elle-même ou bien l’emploi de certains oncogènes comme c-Myc ou Klf4 peut entraîner un stress réplicatif qui provoque des cassures de l’ADN qui dépassent la capacité de réparation de l’ADN des cellules. D, E. La culture des cellules souches pluripotentes in vitro favorise la sélection de sous-clones porteurs de remaniements chromosomiques qui leur confèrent un avantage sélectif de survie ou de prolifération. Ces remaniements chromosomiques apparaissent spontanément ou pourraient être favorisés par une instabilité chromosomique accrue des cellules souches pluripotentes cultivées in vitro.