Techniques de protéomique utilisées pour l’identification des autoantigènes tumoraux. A. Le criblage des autoantigènes exprimés par les tumeurs a d’abord été réalisé par la technique du SEREX [25, 26]. Une banque d’expression d’ADNc est construite à partir d’échantillons tumoraux et clonée dans des phages d’expression. Les phages recombinants sont ensuite transfectés dans des bactéries (E. coli). Les protéines recombinantes, exprimées durant l’infection des bactéries, sont transférées sur une membrane de nitrocellulose qui est ensuite incubée avec le sérum autologue du patient. Les clones réagissant avec les anticorps des patients (IgG) sont identifiés par un second anticorps conjugué à une enzyme. L’ADNc correspondant est ensuite séquencé. Le principal avantage du SEREX est qu’il permet l’exploration de la réponse humorale dans le sérum des patients avec leur propre tumeur comme source antigénique. B. La seconde technique, le SERPA, associe une séparation des protéines tumorales par électrophorèse bidimensionnelle (2-DE) en fonction de leur point isoélectrique (pI) et de leur poids moléculaire (PM). Les protéines sont transférées et immobilisées sur une membrane. Les sérums des patients atteints de cancer ou des contrôles sont criblés individuellement, permettant l’immunodétection d’antigènes spécifiques parmi plusieurs milliers de protéines séparées. Le marquage comparatif des blots permet la détection de spots réagissant spécifiquement avec les sérums de cancer. Ces spots sont ensuite excisés du gel et les protéines sont identifiées par spectrométrie de masse. Le SERPA permet l’identification d’isoformes et de modifications post-traductionnelles, mais est limité concernant l’identification de protéines de faible poids moléculaire ou de faible abondance, à cause de la sensibilité de détection. C. L’approche par puces regroupe 2 formats. Les puces à protéines (C) sont basées sur des centaines voire des milliers d’antigènes connus immobilisés sur une lame de verre. Les puces sont ensuite incubées avec des sérums de patients et de contrôles afin d’isoler les antigènes qui réagissent spécifiquement. En général, les protéines sont produites dans des systèmes procaryotes (E. coli), ce qui empêche l’identification de modifications post-traductionnelles. Les puces à capture inverse immobilisent non plus des protéines, mais des anticorps connus et spécifiques synthétisés pour lier les antigènes natifs contenus dans les extraits de tumeurs ou de lignées cellulaires. Les autoanticorps provenant de patients et de contrôles sont marqués avec différentes cyanines fluorescentes et, après incubation, le ratio de fluorescence détermine l’abondance relative des autoanticorps dans un échantillon donné. L’identification est directe grâce aux anticorps connus, et cette technique, contrairement aux puces à protéines, permet l’identification d’épitopes tumoraux naturels et de modifications post-traductionnelles.