La méthylation de l’ADN corrèle avec la perte de pluripotence. A. Au cours du développement embryonnaire chez la souris, la perte de pluripotence est concomitante de l’établissement des profils de méthylation de l’ADN dans les cellules en cours de différenciation. La méthylation de l’ADN est notamment dirigée vers des gènes-clés de la pluripotence, ce qui confirme les observations faites dans des modèles de différenciation de cellules ES in vitro. La méthylation de l’ADN est également ciblée vers un grand nombre de gènes méiotiques au cours de l’implantation de l’embryon. B. La méthylation des gènes de pluripotence et des gènes méiotiques dans les cellules somatiques différenciées est principalement catalysée par l’enzyme DNMT3B. Il est communément admis que cette méthylation n’est pas nécessaire pour initier la répression génique mais sert plutôt comme un mécanisme secondaire qui établit une répression stable à long terme et empêche la réactivation accidentelle. Un des défis dans les expériences de reprogrammation cellulaire qui génèrent des cellules souches pluripotentes induites (iPSC) est de surmonter efficacement cette barrière épigénétique. Les boules représentent les CpG dans un état méthylé (noir) ou non méthylé (blanc).