Identification des régulateurs transcriptionnels d’un facteur de transcription particulier par puce à siARN. A. Principe du crible. Des cellules contenant une construction reportrice dans laquelle le promoteur du gène FT est fusionné à un gène rapporteur, en l’occurrence l’eGFP (enhanced green fluorescence protein), sont produites. Les cellules présenteront donc un niveau d’expression de l’eGFP qui reflète le niveau basal d’expression du gène FT dans un type de cellules donné. Le niveau d’expression de l’eGFP peut être facilement mesuré à l’aide d’un scanner permettant de détecter l’émission de fluorescence résultant de l’excitation de la GFP. La transfection parallèle dans ces cellules de quantités massives de siARN permet d’identifier les régulateurs du gène FT. En effet, les gènes cibles des siARN entraînant une augmentation du niveau d’expression de la GFP, correspondront à des régulateurs négatifs du gène FT. À l’inverse une diminution de l’expression de la GFP indiquera que le gène ciblé par le siARN agit comme un régulateur positif du gène FT dans la cellule. B. Principe des puces. Les collections de siARN sont déposées de manière ordonnée sur une lame de verre à l’aide d’un robot. Chaque dépôt correspond à un mélange d’un siARN particulier complexé à un agent de transfection et à un polymère. Les cellules peuvent alors être cultivées sur la lame de verre de telle sorte qu’au niveau de chaque dépôt les cellules seront transfectées par un siARN particulier. Après 2 à 3 jours de culture, le phénotype résultant de l’ARN interférence pourra être analysé en terme d’augmentation (spot rouge), de diminution (spot blanc) ou d’absence de modulation (spot vert) du niveau d’expression de l’eGFP.