Représentation explicite et implicite de l’eau et simulation du repliement.A. Molécule de cytochrome c repliée, plongée dans une boîte d’eau : les deux sphères marrons isolées sont des ions chlore. Cette représentation détaillée, avec plusieurs milliers de molécules d’eau explicites, est surtout utilisée pour étudier une protéine déjà repliée. B. Simulation du repliement par représentation implicite de l’eau. Une conformation dénaturée (à gauche) et repliée (à droite) de la petite protéine Trpcage. Son repliement a été simulé avec des représentations implicites, mais aussi explicites du solvant. La structure native (à droite) a été prédite par simulation avant que la structure expérimentale ne soit connue [12] (images préparées avec les programmes Pymol, Molscript et Raster3D [19–21]).