Étapes permettant l’étude des bactéries du genre Yersinia et leur identification grâce à la comparaison des génomes-cœurs. 1 et 2. Des isolats issus de patients diagnostiqués positifs à une yersiniose sont envoyés à l’Institut Pasteur de Paris. 3 et 4. Chaque isolat collecté est mis en culture. Leur ADN est extrait et séquencé par WGS (whole genome sequencing). 5 et 6. Les gènes conservés par une majorité des bactéries du genre Yersinia représentent leur « génome-cœur ». Les allèles des gènes-cœur peuvent différer pour chaque isolat, chaque lignée bactérienne possède ainsi un profil allélique caractéristique. Ce profil allélique est aligné et comparé aux profils des autres isolats. 7. Chaque isolat est assigné à une lignée existante ou est défini comme une nouvelle lignée. Ici, les isolats A, B et C forment un cluster de souches génétiquement proches. La longueur de la droite représente le nombre de différences alléliques entre les différents isolats. 8. L’identification de clusters génétiquement proches permet de déterminer que certaines infections, parfois éloignées géographiquement et/ou dans le temps, sont causées par la même lignée bactérienne. 9. Le CNRY, en partenariat avec Santé publique France, mène des enquêtes épidémiologiques afin d’identifier une potentielle source commune de contamination pour chaque patient infecté.