Les protéine kinases constituent d’importants éléments
régulateurs de la prolifération cellulaire, de la différenciation
et de l’apoptose. Elles jouent un rôle majeur dans la cascade
d’événements observés lors de la transduction d’un signal. Durant
le développement embryonnaire et la vie adulte, les mécanismes de
signalisation cellulaire doivent être coordonnés et intégrés. Tout
événement rompant cet équilibre peut conduire à la formation d’une
tumeur maligne. Ainsi, le développement d’inhibiteurs sélectifs de
certaines protéine kinases présentant un dysfonctionnement
constitue une approche thérapeutique prometteuse dans le contrôle
de certains cancers.
Dans ce contexte, la tyrosine kinase (TK) abelson (c-abl)
représente une cible thérapeutique de choix. En effet, il a été
démontré qu’une activation permanente de c-abl est à l’origine du
processus de leucémogenèse dans la leucémie myéloïde chronique
(LMC) [1] (voir Encadré). Parmi les différents dérivés testés de la
2-phénylaminopyrimidine, le STI 571 (signal transduction inhibitor
571), ou imatinib mésylate (IM), a démontré une capacité
d’inhibition importante sur l’activité TK de la protéine de fusion
bcr-abl [2, 3]. La connaissance structurale du site actif de la TK
c-abl a permis de mieux comprendre le mécanisme d’action de l’IM
[4-6] (Figure 1). Contrairement à ce qui était encore récemment
envisagé, cette molécule n’agit pas seulement par compétition
directe avec les molécules d’ATP, mais, surtout, elle stabilise la
forme inactive de c-abl en déplaçant l’équilibre physiologique de
conformation au détriment de la forme active. Commercialisée sous
le nom de Glivec®, cette molécule sélective représente un espoir
considérable dans le traitement de la LMC.
| La leucémie myéloïde chronique |
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La leucémie myéloïde chronique (LMC) est une hémopathie
chronique rare (250 cas par an en France) caractérisée par une
prolifération incontrôlée de progéniteurs hématopoïétiques. Cette
maladie est la première hémopathie humaine pour laquelle une
aberration acquise du caryotype a été corrélée au développement de
la leucémie : il s’agit d’un chromosome 22 dont le bras long (q)
est raccourci. Ce chromosome (chr), appelé chromosome Philadelphie
(Ph), résulte d’une translocation équilibrée entre les chromosomes
9 et 22 (voir schéma ci-dessous). Cette translocation conduit à la
création d’un gène chimérique codant pour une protéine de fusion
dont les propriétés sont différentes de celles des partenaires de
la fusion. Dans le cas de la LMC, la partie carboxyterminale de
l’oncogène c-abl est mise en continuité avec la partie
aminoterminale de bcr. La protéine de fusion BCR-ABL présente une
activité tyrosine kinase constitutive, et confère aux cellules un
avantage de croissance sans en bloquer la différenciation. D’un
point de vue biologique, la phase chronique de la LMC se
caractérise alors par l’expansion clonale de cellules différenciées
de la lignée granuleuse porteuses du chromosome Ph. En l’absence de
tout traitement, la maladie évolue naturellement vers une phase
d’accélération liée à l’apparition d’événements génétiques
secondaires. Il est alors possible d’observer des anomalies
cytogénétiques additionnelles au caryotype. Cette phase d’évolution
de la LMC est caractérisée par la présence de cellules peu
différenciées (blastes) dans le sang. À terme, lorsque les blastes
représentent 20 % des cellules médullaires, ils définissent une
phase de transformation aiguë de la maladie, associée à un tableau
clinique proche de celui d’une leucémie aiguë.

|
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Figure 1. Représentation tridimensionnelle du site actif de
c-abl. Trois boucles fonctionnelles ont été modélisées : une boucle
C, correspondant au site catalytique de la TK , une boucle P
(phosphate binding loop), qui structure le site de fixation de
l’ATP et dans laquelle se lie l’IM, et une boucle d’activation A,
dont la conformation dépend de son statut de phosphorylation. Le
domaine très conservé aminoterminal de la protéine représente un
élément essentiel dans l’auto-inhibition de la TK. Cette région,
très riche en hélices alpha, interagit avec la boucle A et permet
sa stabilisation sous forme active. A. Equilibre physiologique
entre la forme active de la molécule et la forme inactive. Lorsque
la boucle A présente un statut phosphorylé, sa conformation «
ouverte » stable permet une grande accessibilité du site
catalytique aux molécules d’ATP. La TK c-abl est alors sous forme
active. En revanche, lorsque la boucle A présente un statut
déphosphorylé, sa conformation spécifique rend l’accès du site
catalytique aux substrats difficile. La protéine c-abl présente
alors une conformation inactive qui n’est pas similaire à celles
que l’on peut observer pour d’autres TK. B. Interaction entre une
molécule d’imatinib mésylate (IM) et c-abl. La conformation de la
boucle A joue un rôle majeur dans l’affinité de la TK pour son
substrat. Elle est le siège de la spécificité de l’IM, car cette
dernière reconnaît la conformation inactive très particulière de
c-abl.
La LMC comme modèle d’étude
Cette maladie représente un modèle privilégié d’étude
d’inhibiteurs de TK, car l’efficacité du traitement est évaluée
simplement sur le nombre de globules blancs (dont la normalité
évoque une rémission hématologique) et de cellules leucémiques
porteuses du chromosome Philadelphie (chr Ph) ou de son équivalent
moléculaire, le transcrit de fusion bcr-abl. Une majorité de
patients (95 %) atteints de LMC, traités par l’IM en phase
chronique de la maladie, présentent une rémission hématologique.
Cette rémission est associée dans 85 % des cas à une réponse
cytogénétique majeure ou complète (perte du chr Ph). En revanche,
on ne comprend pas pourquoi l’IM perd de son efficacité lors de
l’évolution de la maladie (seulement 29 % des patients traités par
l’IM en phase accélérée présentent une rémission hématologique) [7]
(‹), ni pourquoi certains patients rechutent après une bonne
réponse initiale au traitement.
(‹) m/s 2003, n° 6-7, p. 667
Étude moléculaire des mécanismes de résistance
L’étude des mécanismes de résistance a été menée principalement
sur des lignées cellulaires rendues résistantes par exposition à
des doses croissantes d’IM. L’hétérogénéité des lignées utilisées a
parfois donné des résultats contradictoires. Cette approche in
vitro a été complétée par des travaux réalisés sur des cellules
sanguines ou médullaires de patients en phase accélérée de LMC et
n’ayant jamais présenté de réponse hématologique favorable au
traitement, et sur des cellules de patients atteints de leucémie
aiguë lymphoblastique (LAL) associée à la présence d’un chr Ph (LAL
Ph+). Ces approches ont permis d’élucider certains mécanismes de
résistance.
Mécanismes de résistance hors mutations
Réactivation de l’activité TK de bcr-abl
Une modification quantitative de la cible par amplification du
gène bcr-abl peut être à l’origine d’une réactivation de l’activité
TK dans les cellules devenues résistantes à l’IM [8] (‹).
(‹) m/s 2001, n° 11, p. 1192
Cependant, le phénotype résistant observé est
réversible puisque la suppression de l’IM du milieu de culture
conduit à la diminution du taux de synthèse de l’ARNm bcr-abl et de
la protéine chimérique. Ce mécanisme de résistance est observé chez
moins de 5 % des patients ayant eu une recherche d’amplification
génique [8-12].
Le gène MDR-1
Il a été démontré dans de nombreux cancers (comme les leucémies
aiguës myéloblastiques de l’adulte) qu’une augmentation de la
transcription du gène MDR1 (multidrug resistance), déterminant la
synthèse de la pompe d’efflux de la glycoprotéine P, était
directement corrélée à la résistance. Dans la résistance à l’IM,
une augmentation conjointe de l’expression de bcr-abl et de MDR1
contribue à la résistance d’une lignée LAMA84R [13]. Dans un second
modèle issu d’une lignée érythroïde K562, la résistance à la
doxorubicine (un agent intercalant de l’ADN) dépendante de MDR1
protège la cellule contre l’action de l’IM [13]. Enfin,
l’augmentation de l’expression de MDR1 induite par transfection
contribue à la résistance d’une lignée AR230 à de faibles doses
d’IM [8], mais n’a aucun effet sur une autre lignée K562
[14].
In vivo, dans la LMC, la résistance à l’IM liée à MDR1 est
difficile à évaluer en raison d’une expression physiologique
importante de ce gène dans les cellules sanguines. Notons cependant
l’observation d’une surexpression de MDR1 au cours de l’évolution
de LAL Ph+ résistantes à l’IM [15].
L’accessibilité intracellulaire de l’IM
L’IM a la capacité de se fixer sur une glycoprotéine acide
alpha-1 plasmatique (AGP). De manière intéressante, la survie
d’animaux transgéniques exprimant bcr-abl et résistants à l’IM est
améliorée si la prise de ce médicament est associée à celle de
l’érythromycine. Dans ce modèle, la compétition par l’érythromycine
pour la fixation à l’AGP a permis d’accroître l’efficacité du
traitement par IM [16].
In vivo, la corrélation entre résistance à l’IM et taux d’AGP n’a
pas toujours été confirmée [17-20]. Il est seulement possible de
montrer une corrélation entre un taux élevé d’AGP et la résistance
à l’IM chez des patients en phase blastique de la maladie [17,
20].
L’activation d’autres voies de survie
Pour une concentration d’IM donnée, un délai de cent heures est
nécessaire pour obtenir l’apoptose in vitro de cellules leucémiques
de patients atteints de LMC, alors que l’apoptose de cellules
blastiques de patients atteints de LAL Ph+ est acquise en 16 à 20
heures [21]. Cette cinétique d’induction d’apoptose moins rapide
pour les cellules de LMC pourrait résulter de l’activation accrue
d’autres voies de survie, indépendantes de bcr-abl. On peut
supposer que dans les cellules de LAL Ph+, ces autres voies
puissent être affectées par des anomalies génétiques
additionnelles.
Un modèle de cellules K562, résistantes à l’IM, mais présentant une
diminution du taux d’expression du transcrit bcr-abl, a permis de
montrer que la résistance pouvait résulter de l’activation de la
voie des src-kinases [22]. L’augmentation de la phosphorylation de
molécules telles que LYN, responsables de la signalisation en aval,
permettrait de contourner l’inhibition de bcr-abl par l’IM dans ce
modèle. In vivo, l’augmentation de l’activité de la src-kinase LYN,
observée chez certains patients en phase accélérée de LMC, est
probablement liée à l’évolution de la maladie, mais pourrait
participer à la résistance à l’IM [22].
Résistance par mutations
Initialement, une équipe américaine a montré la présence d’une
mutation ponctuelle dans le domaine TK de c-abl aboutissant à la
substitution d’une thréonine par une isoleucine en position 315
(T315I) chez six patients résistants au traitement par IM [9]. Dans
le même temps, deux équipes européennes ont décrit la présence
d’autres mutations ponctuelles affectant un acide glutamique (E255)
situé dans la boucle P du domaine kinase chez des patients ayant
rechuté après une réponse initiale au traitement [12, 23]. À
l’heure actuelle, on dénombre 22 mutations affectant 19 acides
aminés différents [23-26], avec une fréquence très variable d’une
étude à l’autre. Cette variabilité dépend beaucoup de la
méthodologie utilisée. Par ailleurs, ces études portent sur des
patients à des stades d’évolution différents de leur LMC. Or, la
fréquence des mutations observées est plus importante chez des
patients ayant rechuté sous IM après une réponse cytogénétique
initiale favorable que chez des patients ne l’ayant pas présentée.
Ainsi, une étude récemment publiée démontre que la fréquence des
mutations détectées par séquençage augmente considérablement chez
des patients en phase accélérée, dont le diagnostic de LMC a été
posé quatre ans au moins avant la date de la recherche de mutations
(27 patients porteurs de mutations sur 104 étudiés, quatre ans
après le diagnostic, contre 0 sur 40 patients étudiés dont le
diagnostic date de moins de quatre ans) [24].
In vitro, une approche de mutagenèse aléatoire a permis de
constituer une banque de clones cellulaires BaF3 porteurs de
mutations ponctuelles du gène bcr-abl [27]. Les clones analysés ont
été sélectionnés pour leur résistance à l’IM. Cette approche
originale a permis de retrouver toutes les mutations initialement
décrites dans le site actif de c-abl chez les patients résistants
au traitement. Ce travail a également permis de caractériser
d’autres mutations situées sur la face opposée du domaine kinase de
la molécule, ou dans la région aminoterminale de c-abl. L’étude
structurale de ces variants a permis de mettre en évidence une
nouvelle catégorie de mutations capables de déstabiliser la
conformation inactive de la TK par effet allostérique.
Importance des mutations dans la résistance au
traitement
L’effet des mutations de c-abl sur la résistance à l’IM varie
selon leur nature ou leur localisation. Dans la LMC, les mutations
situées dans la boucle P présentent une valeur pronostique
défavorable chez les patients. En effet, dans une étude
rétrospective, S. Brandford et al. ont montré que 92 % des patients
traités par IM, ayant une ou plusieurs mutations dans cette région,
décèdent dans les six mois qui suivent leur détection, alors que si
les mutations sont situées dans une autre région du site actif de
c-abl, la proportion de décès est de 21 % [24]. L’analyse
structurale de la boucle P montre qu’une mutation affectant l’acide
aminé 253 ou 255 modifie la conformation tridimensionnelle,
perturbant l’interaction de l’IM avec le site catalytique de c-abl
[28]. De plus, la substitution d’une tyrosine par une phénylalanine
en position 253 confère à la TK une activité oncogénique accrue,
puisque les cellules bcr-abl portant cette mutation sont capables
de produire une quantité plus importante de phosphotyrosines in
vitro [29]. Il est donc tout à fait possible que ce type de
mutation détermine non seulement une résistance importante à l’IM,
mais contribue également à l’accélération de la maladie.
Les mutations localisées dans la boucle A, comme la substitution de
l’histidine en position 396, influent sur l’affinité de l’IM pour
son substrat. De même, la substitution des résidus hydrophobes en
position 351 ou 486 perturbe l’interaction avec la région
aminoterminale de la TK. Ainsi, ces mutations déstabilisent la
forme inactive de c-abl et déplacent l’équilibre vers sa
configuration active, non reconnue par l’IM. L’analyse cellulaire
et biochimique de ces mutations démontre que l’IM a une faible
capacité d’inhibition de la prolifération cellulaire (IC50 de 4 à 9
muM)[29]. Cliniquement, on peut envisager qu’une augmentation de la
posologie d’IM puisse améliorer la réponse au traitement chez
certains patients.
Parmi les différentes substitutions altérant les points de liaison
de l’IM dans le site actif de c-abl, la mutation T315I est associée
à une importante réduction de la sensibilité des cellules à ce
produit (IC50 Ž 20 muM), car elle abolit une liaison hydrogène
entre les deux partenaires [9]. Cette mutation est directement
impliquée dans la résistance des patients au traitement et
représente près de 60 % des mutations retrouvées.
D’où proviennent les mutations ?
Une constatation surprenante avait été rapportée par C. Barthe
et al. chez un patient atteint d’une LMC et résistant à l’IM [30] :
la mutation de l’acide aminé 255, détectée 13 mois après la mise en
route du traitement, n’était pas retrouvée au début de la prise
d’IM. L’augmentation du signal de détection de cette mutation par
séquençage au cours du temps témoignait toutefois d’un
enrichissement de la population de cellules mutées au cours du
traitement et pouvait légitimement suggérer un effet mutagène de
l’IM in vivo. Cependant, l’exposition des lignées cellulaires à de
très fortes doses d’IM n’entraîne pas l’émergence de mutations. Par
ailleurs, des mutations ont été détectées chez des patients
présentant une résistance après moins de trois mois de traitement,
délai trop court pour que l’IM puisse induire des mutations.
Par le développement d’une technique de détection de mutations plus
sensible que le séquençage, nous avons pu démontrer, par PCR
spécifique d’allèle, la présence de rares cellules mutées (1/10
000), porteuses de la mutation T315I, avant la mise en route du
traitement par l’IM chez certains patients ayant reçu de
l’interféron, mais également au moment du diagnostic chez un
patient (Figure 2) [26, 31]. La présence des mutations T315I et
E255K avant la prise d’IM a été confirmée dans deux autres études,
par séquençage rétrospectif de prélèvements de patients chez
lesquels le traitement n’avait pas entraîné de réponse
hématologique. Ces différents résultats ont permis de suggérer que
l’émergence de la résistance à l’IM pouvait être expliquée par la
préexistence de cellules bcr-abl mutées dans le site de la TK, dont
le faible nombre rendait toutefois impossible la détection initiale
par séquençage. Il est ensuite possible que la résistance à l’IM de
ces cellules leur confère un avantage sélectif sous traitement.
Ainsi, suivant le moment d’apparition des mutations, on peut
envisager les scénario illustrés dans la Figure 3.

Figure 2. Détection de la mutation T315I par PCR spécifique
d’allèle (PCR-ASO). A. Principe de la PCR-ASO. Cette technique est
fondée sur la spécificité de séquence des amorces utilisées pour la
réaction de PCR. Pour chaque analyse, la réaction est réalisée en
double de manière simultanée, sur l’ADN du patient, en utilisant
une amorce « anti-sens » commune et une amorce « sens » dont la
séquence terminale est spécifique de la mutation ou de l’allèle
normal. En cas de non appariement, la réaction d’élongation par la
Taq polymérase ne peut se faire. Ainsi, l’analyse des produits de
la réaction après électrophorèse en gel d’agarose permet de
visualiser la présence ou l’absence d’un produit d’amplification
suivant le couple d’amorces utilisé, permettant ainsi de déterminer
la présence ou l’absence, dans l’échantillon d’ADN, de l’allèle
muté. B. Cinétique d’évolution d’un clone porteur de la mutation
T315I dans le cas de la prise en charge d’un patient atteint de
LMC. M0 : diagnostic et mise en route du traitement par interféron
et aracytine (INF+Ara-C) ; M6 : mise en route du traitement par IM
(six mois après le diagnostic) ; M13 : absence de réponse
cytogénétique après 7 mois de traitement par IM. Le diagramme de
séquençage ne détecte pas de mutation à M0 mais détecte une double
population (séquence normale C et séquence mutée T) à M13. La
cinétique d’évolution par PCR-ASO des cellules mutées témoigne chez
ce patient d’un enrichissement du clone muté (minoritaire au
diagnostic et non détecté par séquençage) sous traitement par
IM.

Figure 3. Cinétique d’émergence dans le sang des différentes
populations cellulaires. Au cours de la progression de la phase
chronique de la maladie vers la phase d’accélération, des mutations
somatiques s’accumulent dans les cellules cancéreuses (partie
supérieure de la figure). Certaines mutations sont délétères.
D’autres n’altèrent pas l’intégrité cellulaire, car elles
n’affectent pas la fonction de la TK de c-abl, et sont même
capables d’apporter un avantage sélectif à la cellule (comme la
mutation T253F). Ces événements aléatoires seraient passés
inaperçus si un facteur extrinsèque, l’imatinib mésylate (IM), ne
leur avait pas attribué un avantage sélectif considérable. La
prolifération clonale de ces cellules résistantes au traitement est
favorisée sous IM par rapport à celle des autres clones malins.
C’est pourquoi, suivant le moment d’apparition de la mutation au
cours du traitement, il est possible d’observer une rémission
complète, une résistance précoce, ou une rechute après une réponse
initiale.
Conclusions et perspectives
Ces études démontrent les limites de la spécificité d’action de
l’IM. Une mutation ponctuelle, n’affectant ni la fonction de la TK,
ni la viabilité de la cellule, suffit à abolir ou à restreindre
l’action de ce médicament. Or, le ciblage des anomalies
moléculaires responsables de certaines maladies représente, à
l’heure actuelle, le nouveau défi de la recherche pharmaceutique.
Cette recherche risque d’être confrontée à l’instabilité du génome
humain, puisque le profil de réponse à une molécule pourrait être
déterminé par la variabilité génétique de l’hôte.
On peut établir une analogie entre ce que la médecine a connu avec
l’avènement des antibiotiques ou des antiviraux, et l’espoir que
représente l’IM pour le traitement des LMC et de certains autres
cancers, pour lesquels on ne disposait, jusqu’à ce jour, d’aucune
ressource thérapeutique. Nous savons que l’efficacité spectaculaire
des antibiotiques a été contrecarrée par les variations génétiques
des bactéries, à l’origine de résistances. De même, l’efficacité de
l’AZT (azidothymidine) dans le traitement du sida a été remise en
question lorsque des mutations dans la séquence de la transcriptase
inverse du VIH a entraîné une résistance au traitement. Il a fallu
alors développer de nouveaux médicaments et associer plusieurs
molécules inhibitrices pour surmonter ces résistances.
Des essais thérapeutiques sont entrepris actuellement pour évaluer
l’efficacité de l’association de l’IM avec des médicaments ciblant
une autre voie de prolifération cellulaire. Par ailleurs, des
dérivés de l’IM ne présentant pas certaines contraintes
structurales de c-abl (comme la boucle A) sont étudiés en
laboratoire [32]. Il est certain que le développement de l’IM va
s’inscrire dans une longue continuité d’efforts fructueux pour le
développement des médicaments de demain.
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